国内線オンラインチェックインは１回だけですか

オンラインチェックインは基本的に飛行機に乗る回数分だけ必要です。
往路・復路がある旅程の方は2回以上行います。

乗り継ぎ便がある方は、片方の便の手続きを行うともう片方の便の手続きも同時に済ませることができます。
ただし別の旅程としてご予約された方はそれぞれ別途チェックインを行う必要があります。